জানা যায়, এটি এক সময় ছৈয়দ কুতুব মসজিদ নামেও পরিচিত ছিল। ছৈয়দ কুতুব ছিলেন চট্টগ্রামের শেষ মোগল নবাব মীর রেজা খানের পিতা। এছাড়া রেকর্ডপত্রে মুকিম নাজির মসজিদ নামেও এটির পরিচিতি রয়েছে।
ইতিহাস ঘেঁটে জানা যায়, ১৬৬০ সালের ১৬ মে ঢাকার নবাব শাহ সুজার আপন ভাই আওরঙ্গজেবের ভয়ে বাংলা ছেড়ে আরাকানের দেয়াঙ শহরে আশ্রয় নেন। পরে ১০ জুন সরফসঙ্গীদের নিয়ে তিনি দেয়াঙে ঈদুল ফিতরের নামাজ আদায় করেন। তবে দেয়াঙের কোন এলাকায় ঈদুল ফিতরের নামাজ আদায় করেন তার সঠিক তথ্য জানা যায়নি।
.png)
তবে ঐ সময় দেয়াঙের পশ্চিমচাল এলাকায় বখতিয়ার গোত্রের বহু শিয়া মুসলিম পরিবার বসবাস করতেন। হয়তো শাহজাদা সুজা মুসলিম অধ্যুষিত এ এলাকায় সাময়িক আশ্রয় গ্রহণ করেন। এ গ্রামে আগে থেকেই একটি মসজিদ ছিল, সেই মসজিদেই তিনি ঈদুল ফিতরের নামাজ আদায় করেন বলে ধারণা করা হয়।

শাহাজাদা সুজা ১৬৬০ সালে আরাকানের রাজধানীতে পৌঁছানোর আগে প্রায় তিন মাস ১০ দিন দেয়াঙে অবস্থান করেন। ঐ সময় তিনি মসজিদটি পাকা করেন বলে ধারণা করা হয়। আর তার পূর্বপুরুষ মোগল সম্রাট আকবরের স্মৃতি রক্ষার্থে মসজিদটির নামকরণ করেন আকবরী মসজিদ।
নির্মাণকালীন সময়ের হাতে আঁকা একটি মানচিত্র রয়েছে মসজিদটিতে। মানচিত্রে মসজিদের নির্মাণ সাল উল্লেখ রয়েছে। প্রথম দুইটি সংখ্যা ১৬ স্পষ্ট হলেও পরের দুটি অস্পষ্ট। তবে পুরো সংখ্যাটি ১৬৬০ বলে অনুমান করা হয়।
ইতিহাস থেকে আরো জানা যায়, তৎকালীন আরাকানের অপর নাম ছিল রোসাঙ্গ শহর। সেই রোসাঙ্গ শহরের প্রসিদ্ধ বন্দর ছিল দেয়াঙ। গবেষক আবদুল আবদুল হক চৌধুরী বন্দরগ্রামে বসবাসরত খোট্টা গোত্র সম্পর্কে বর্ণনায় বলেছেন- খোট্টাদের আদিপুরুষ মোগল সৈনিক এবং তারা ভারতের বেনারসের বাসিন্দা। মোগল শাহাজাদা সুজা সেনাবাহিনীর সদস্য ছিলেন। তখন থেকে তারা বন্দর ও দোতাল পাড়ায় স্থায়ীভাবে বসতি স্থাপন করেন।

এতে ধারণা করা হয়, পশ্চিমচাল গ্রামের বখতিয়ার পাড়ায় প্রাচীন আকবরী মসজিদটি শাহাজাদা সুজা কর্তৃক ১৬৬০ সালে নির্মাণ করা হয়। এর ছয় বছর পর ১৯৬৬ সালে মোগলরা চট্টগ্রাম বিজয় করে দেয়াঙ বন্দরসহ শঙ্খ নদীর উত্তর সীমানা পর্যন্ত দখল করেন। অর্থাৎ, পুরো দেয়াঙ রাজ্য মোগলদের অধিকারে চলে আসে। মোগলদের ব্যয়ভার ও স্থানীয় মুসলিম বখতিয়ার বংশের জীবিতভাতার ব্যবস্থা করেন। পরবর্তীতে ১৭৭৫ সালের ১৫ সেপ্টেম্বর ঐ মসজিদের নামে বরাদ্দকৃত ৮০ সম্পদের হতে কিছু অংশ কাটছাট করে পুনরায় লাখেরাজ হিসাবে বরাদ্দ দেন।