জানা যায়, মোঘল আমলে এ অঞ্চল অর্থাৎ চট্টগ্রাম যখন ইসলামাবাদ নাম নিয়ে সুবা বাংলার রাজধানী ছিল, তখনই মসজিদটি প্রতিষ্ঠিত হয়। ধারণা করা হয় ১৭৩৭ খ্রিষ্টাব্দে মোঘল সুবাদার শায়েস্তা খাঁর পৌত্র (নাতি) শেখ বাহার উল্লাহ এ মসজিদ প্রতিষ্ঠা করেন। তার মৃত্যুর পর মসজিদটি শেখ বাহার উল্লাহ শাহী জামে মসজিদ নামে পরিচিতি লাভ করে।
শেখ বাহার উল্লাহ শাহী জামে মসজিদ বাংলাদেশ পত্নতত্ত্ব অধিদফতরের অধিভুক্ত একটি গুরত্বপূর্ণ মহামূল্যবান ও অতি সংবেদনশীল স্থাপনা। ভারতের দিল্লীর কেন্দ্রীয় মহাফেজখানা ও বৃটেনের লন্ডনস্থ ব্রিটিশ মিউজিয়াম-এ মসজিদটি সম্পর্কিত গুরত্বপূর্ণ দস্তাবেজ প্রায় ১৭০ বছর ধরে সযত্নে রক্ষিত রয়েছে।
.png)
চট্টগ্রামের প্রাচীনতম এ মসজিদ থেকে মাত্র ৫০ গজ দূরত্বে শায়েস্তা খাঁর রাজমহল, যা বর্তমান কোর্ট হিলে আদালত ভবন প্রতিষ্ঠা না হওয়া পর্যন্ত এখানেই সব ধরনের বিচারকাজ সম্পন্ন হতো।
মসজিদটির আদি গড়নে প্রাধান্য পেয়েছে তিনটি গম্বুজ ও আটটি মিনার। বিভিন্ন সময়ে সংস্কারের ফলে আজো গম্বুজ ও মিনারগুলো বিদ্যমান। মূলত শুধুমাত্র পশ্চিম দিক থেকেই মসজিদটির আদি রূপ পরিলক্ষিত হয়। তিন গম্বুজের মাঝখানের গম্বুজটি তুলনামূলক বড় আকৃতির এবং দু’পাশের গম্বুজগুলো অপেক্ষাকৃত ছোট।
কেন্দ্রীয় মেহরাবটি অর্ধগোলাকৃতির, যা ২০০৩ সালে সংস্কারের পরে এখনো একইরকম রয়েছে। বড় দরজার মধ্যবর্তী স্থানে কেন্দ্রীয় মেহরাবের দুই পাশে, অর্থাৎ ছোট দুই দরজার সামনে রয়েছে দুটি মেহরাব সাদৃশ্য ছোট অর্ধচন্দ্রাকারের মেহরাব। যা মসজিদের সৌন্দর্য্য আরো কয়েকগুণ বাড়িয়ে দিয়েছে।
তিনটি দরজার চৌকাঠে ওপরে ইটের খিলানে আবৃত। এছাড়াও উত্তর ও দক্ষিণ পাশের জানালায় খিলান নজরে আসে। সম্প্রতি এ মসজিদ প্রাঙ্গনে বুখারা বিশ্ববিদ্যালয়ের কেন্দ্রীয় তোরনের আদলে একটি বৃহৎ ও দৃষ্টিনন্দন তোরণ নির্মাণ করা হয়েছে, যা দেখার জন্য দেশের বিভিন্ন প্রান্ত থেকে উৎসুক লোকজন নিয়মিত ভিড় জমায়।
মোগল স্থাপত্যে গড়া মূল আদি মসজিদটি কয়েকশ’ বছরের স্মৃতি বহন করে। তবে কালের বিবর্তনে মূল মসজিদ অক্ষত রেখে এটি তিনতলা বিশিষ্ট মসজিদে রূপান্তরিত করা হয়েছে। মসজিদের বর্তমান খতিব মাহবুবুল আলম।
আবদুল্লাহ খাঁন সড়কের বাসিন্দা একরাম উদ্দীন বলেন, চট্টগ্রাম সুবা বাংলার রাজধানী থাকাকালীন মসজিদটি প্রতিষ্ঠিত হয় বলে পূর্বপুরুষদের কাছে শুনেছি। মোঘল সুবাদার শায়েস্তা খাঁর নাতি শেখ বাহার উল্লাহ এ মসজিদ প্রতিষ্ঠা করেন বলেই এটির নাম হয় শেখ বাহার উল্লাহ শাহী জামে মসজিদ। অনেক দূর-দূরান্ত থেকে এখানে নামাজ আদায় করতে আসেন মুসল্লিরা। জুমার দিনসহ বিশেষ দিনগুলোতে এখানে মানুষের সমাগম হয় বেশি।